쏘의 해피월드

VNML: Driver/library version mismatch 1. lsmod | grep nvidia --> 어떤 nvidia 드라이버가 설치 되어있는지 확인 2. nvidia kernel --> 언로딩 시키기 rmmod: ERROR: Module nvidia_drm is in use와 같이 다른 에러가 뜬다면 1. sudo lsof/dev/nvidia* --> 현재 nvidia 관련 프로세스 확인 2. sudo kill -9 [write_your_process_id] 3. 다시 sudo rmmod nvidia_drm 및 nvidia_modeset 4. nvidia-smi --> 해결!!! 참고: https://stackoverflow.com/questions/66371130/cuda-initia..

sudo apt-get remove r-base-core sudo apt-get remove r-base sudo apt-get autoremove apt-cache showpkg r-base sudo apt-get instll r-base-core=00000

서칭을 하다보면, 내가 어떤 것을 찾고자 했는지 종종 잊어버리는 경우가 있다. 내가 자주 하는 서칭 방법은 구글 검색 후 블로그에 잘 정리해 둔 내용들을 하나씩 살펴보는 것이다. 글을 읽는 중 옆에 놓여진 목록, 또는 검색 자료를 보면 내가 몰랐던 부분이 수두룩하여 이것도 봐야하나? 하며 탭으로 남겨둔다. 탭에서 탭으로 이동하다보면 정작 내가 어떤 정보가 필요했는지 잊어버린다. 이렇게 구글의 늪에 빠져버리는 상황을 방지하려면 어떻게 해야할까? 1. 내가 봉착한 문제를 체크박스와 함께 메모장에 적어둔다. 예를 들자면, □ Tensorflow GPU 환경설정 구축 과 같이 말이다. 2. 제발 읽어보고 탭을 저장해두자. 클릭하는데에 익숙해져있어, 제목만 보고 판단해버린다. 다시 읽어보면 내용은 나에게 필요없는..

R 버전 4.0 이상 Seurat 설치가 가능하다. # R studio에서 설치 install.packages('Seurat') library(Seurat) # 만약 아래와 같이 경고 메세지가 출력되었다면, y 누르고 엔터: ''' package wich is only available in source form, and may need compilation of C/C++?Fortran: 'Seurat" Do you wan to attempt to install tese from sources? ''' y/n: y

Seurat 시작하기 사용자들이 Seurat을 이용하는데 도움을 주기 위한 몇 개의 삽화, 튜토리얼, 분석을 제공합니다. 사용자들이 사용가능한 기능에 대한 전체 목록을 확인할 수 있는 Reference Page를 확인할 수 있습니다. 삽화(Vignettes) 소개 Seurat의 새로운 사용자들을 위해, 10X Genomics로부터 공개적으로 제공한 말초혈액단핵세포-PBMCs(Peripheral Blood Mononuclear Cells) 데이터셋을 이용하여 연습해보시기를 추천드립니다. 이 튜토리얼은 QC 및 data filteration, 고분산 유전자 계산(calculation of high-variance genes), 차원 축소(dimensional reduction), 그래프 기반 클러스터링 (g..

Seurat4.0 공식 출시 Seurat v4.0을 출시하여 넘 기뻐요. 위 업데이트는 새로운 형태와 기능을 가져옵니다: 통합적인 멀티모달 분석. 동일 세포로부터 여러 데이터 유형의 동시에 측정할 수 있는 기능은 멀티모달분석으로 잘 알려져있는 단일세포 유전체학의 새롭고 흥미로운 영역을 나타냅니다. Seurat v4에서 WNN 분석, 각 세포 양식의 정보 내용을 학습하는 비지도 전략, 그리고 두 양식의 가중치 결합을 기반으로 한 세포의 상태를 정의를 소개합니다. 우리의 새로운 논문에서, 전사체 및 228개 표면 단백질 측정을 특징으로 하는 CITE-seq의 데이터 세트를 생성하고, WNN을 활용하여 human PBMC의 멀티모달 reference를 정의합니다. 여러분은 CITE-seq, ASAP-seq, ..

유전자 발현분석 (Gene expression profiling) 한 번에 수천 개의 유전자 활성을 측정하는 것. 유전자 발현 분석은 '정상적인 생물학적 프로세스'와 '질병 프로세스'에서의 유전자 발현 차이, 바이오마커 시그니처(biomarker signature) 식별과 검증에 인사이트를 제공하기 위함이다. 아래 그림과 같이 특정 환경변화에 따른 여러 유전자(프로파일링) 또는 여러 샘플(스크리닝)의 발현 정도를 동시에 비교하는 것이다. 이 분석은 (1)유전자의 표현형 차이를 확인하고 (2)유전자 발현 타겟을 선별하는데 도움이 된다. 이러한 유전자 발현 차이는 특정 질병 표현형의 잠재적인 바이오마커 발견으로 이어질 수 있으며, 더 나아가 바이오마커 검증을 가능하게 한다. 예를들어, DNA microarr..

오늘 뒤통수를 세게 맞는 일이 있었다. 교수님과 면담 중 디지즈? 디이즈? 라고 말씀하시는 부분이 있었다. 나는 당연히 디지즈? disease? 문맥에 맞지 않았지만 질병이라고 말하는 구나.. 당연히 질병에 대해서 말씀하시는 줄 알았다.. 요즘 디지즈를 디이즈라고 발음하기도 하는구나 하면서 말이다. 오늘 array data 모양들을 한 번 살펴보는 중 DEG분석이라는 단어를 발견했다. 갑자기 뇌리에 번뜩 스쳤다.. 디지즈!???! 교수님이 말씀하셨던 디지즈가 디이지였던 것이다!!!!!!! 부랴부랴 DGE분석을 찾아보니.. DGE란, differential expressed gene analysis의 줄임말로, 같은 유전자의 평균 발현량이 서로 통계적으로 유의하게 다른지 분석하는 방법론 질병이랑 관련이 하..