쏘의 해피월드

SRA는 대규모의 유전체 시퀀싱 데이터를 저장하는 공개 데이터베이스로, 여기에는 다양한 생물종의 DNA와 RNA 시퀀싱 데이터가 포함되어 있습니다. sratoolkit은 특히 FASTQ 형식의 원시 시퀀싱 데이터를 다운로드하는데 유용합니다. 아래에서 FASTQ 데이터 다운로드를 위해 사용되는 sratoolkit을 설치하고 사용하는 방법에 대해 알려드리려 합니다. sratoolkit 파일 설치먼저 sratoolkit을 로컬 컴퓨터 환경에 맞게 설치합니다. 필자는 Mac OS 환경에서 작업했습니다. 아래 코드는 url을 사용해서 설치하는 코드입니다. https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit  02. Installing SRA Too..

유전체 데이터를 다루려면 원시데이터인 FASTQ 파일을 전처리를 해야합니다.예를 들어, DNA의 경우 VCF 파일로, RNA-seq 또는 scRNA-seq의 경우 counts table로 만들어야 합니다. Nextflow는 유전체 데이터 전처리를 위한 자동화 파이프라인입니다.전처리 단계별 도구들을 불러와 한 번에 구동할 수 있는 편리한 도구입니다. Nextflow 설치Nextflow를 설치합니다. 공식 버전, Quick-start 설치, Bioconda를 활용한 설치가 있습니다. 다음 튜토리얼에서는 Anaconda 환경을 설정하여 독립적인 환경에서 Nextflow를 설치하는 방법을 기술했습니다. (아래 스텝은 MacOS 환경의 작업입니다.) 아나콘다 환경 설정먼저, 아래 두 체널을 세팅함으로써 Bioco..

1. bulk RNA seq analysis ssGSEA GSVA 2. scRNA-seq analysis AUCell, SCSE, JASMINE

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject Home - BioProject - NCBI www.ncbi.nlm.nih.gov

https://www.cbioportal.org/ cBioPortal for Cancer Genomics www.cbioportal.org

https://portal.gdc.cancer.gov/

https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/ 23.04.20 업데이트 R에서 msigdbr 라이브러리가 있어서 R 상에서 데이터베이스를 다운받아 사용가능하다! install.packages("msigdbr") library(msigdbr) hallmark_gene_sets

https://sleepstay.tistory.com/286 rgb 색상표 색상이름 표준색상표 모음 rgb 색상표 색상이름 표준색상표 모음 색상코드표 색상코드 모음입니다. 요즘에는 이 rgb 색상표 색상이름 표준색상표가 많은 분께서 사용하시는데요. 예전에는 주로 디자이너 분들이 많이 사용 sleepstay.tistory.com