Seurat 홈페이지 시작하기 (feat. 홈페이지 번역)

Seurat4.0 공식 출시

Seurat v4.0을 출시하여 넘 기뻐요. 위 업데이트는 새로운 형태와 기능을 가져옵니다:

• 통합적인 멀티모달 분석. 동일 세포로부터 여러 데이터 유형의 동시에 측정할 수 있는 기능은 멀티모달분석으로 잘 알려져있는 단일세포 유전체학의 새롭고 흥미로운 영역을 나타냅니다. Seurat v4에서 WNN 분석, 각 세포 양식의 정보 내용을 학습하는 비지도 전략, 그리고 두 양식의 가중치 결합을 기반으로 한 세포의 상태를 정의를 소개합니다. 우리의 새로운 논문에서, 전사체 및 228개 표면 단백질 측정을 특징으로 하는 CITE-seq의 데이터 세트를 생성하고, WNN을 활용하여 human PBMC의 멀티모달 reference를 정의합니다. 여러분은 CITE-seq, ASAP-seq, 10XGenomics ATAC + RNA, and SHARE-seq를 포함한 다양한 기술들로부터 WNN을 멀티모달 데이터를 분석하기 위해 사용할 수 있습니다.)
  • Paper: Integrated analysis of multimodal single-cell data
  • Vignette: Multimodal clustering of a human bone marrow CITE-seq dataset
  • Portal: Click here
  • Dataset: Download here

• reference에 대한 쿼리 데이터의 빠른 매핑. 고품질의 reference 데이터셋을 활용한 새로운 scRNA-seq 데이터셋(쿼리)을 신속히 매핑하는 작업인 Azimuth를 소개합니다. 여러분은 시각화 과정을 자동화, clustering annotation, differential expression 하면서 인간 PBMC scRNA-seq 데이터를 우리의 reference에  mapping 할 수 있습니다. Azimuth는 Seurat 내에서 작동할 수 있으며, 또한 설치를 필요로하지 않거나 프로그래밍 경험이 없이도 사용가능한 독립적인 웹 어플리케이션으로도 사용할 수 있습니다.
  • Vignette: Mapping scRNA-seq queries onto reference datasets
  • Web app: Automated mapping, visualization, and annotation of scRNA-seq datasets from human PBMC

추가 속도 및 활용성 업데이트: 주로 대규모 데이터셋에서 Seurat v4의 성능 향상을 위한 v4에 약간의 변경을 했습니다. 

이러한 변화는 속도와 메모리 요구사항을 대체적으로 향상했지만, downstream 결과에 영향을 끼치지는 않습니다. 여기에 주요 변경에 대한 자세한 설명을 제공하고 있습니다. 기존의 결과를 완전히 재현하길 원하는 사용자들은 Seurat v3를 설치함으로써 계속할 수 있습니다.

Seurat v3에 익숙한 사용자들이 Seurat v4로 순조로운 이동을 경험할 것임을 믿고있습니다.

광범위한 새 기능을 도입했지만 기존 워크플로, 기능, 구문은 이번 업데이트 때 크게 변경되지는 않았습니다.

또한 Seurat v3에서 생성된 Seurat 개체를 추가분석하기 위해 Seurat v4에서도 매끄럽게 로드할 수 있습니다.

Seurat에 대하여

Seurat는 scRNA seq의 QC, 분석 그리고 탐구를 위한 R 패키지입니다.

Seurat는 사용자들이 단일세포(single-cell) 전사체(transcriptomic) 측정에서의 이질성(heterogeneity)의 근원을 식별하고 해석을 할 수 있게 하는데에 목표를 두고 있습니다. 또한 다양한 단일세포 데이터의 유형을 통합할 수 있게 합니다.

 

만약 Seurat을 연구에 이용한다면, 아래 사이트를 살펴보세요.

• Hao*, Hao*, et al., Cell 2021 [Seurat V4]
• Stuart*, Butler*, et al., Cell 2019 [Seurat V3]
• Butler* et al., Nat Biotechnol 2018 [Seurat V2]
• Satija*, Farrell*, et al., Nat Biotechnol 2015 [Seurat V1]

모든 방법들은 명확하고, 명료하고, 해석가능한 시각화임을 강조할 것이고, 또한 dry-lab과 wet-lab 연구자들 모두에게 쉽게 사용되어질 수 있도록 디자인 되었습니다.

Seurat은 Satija lab에서 개발되고 유지되고 있으며 GNU Public License 하에 출판되었습니다.

 

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Seurat홈페이지

https://satijalab.org/seurat/index.html

Tools for Single Cell Genomics