쏘의 해피월드

그런 이유로 스미레는 3학년이 되기 전에 재빨리 자퇴서를 제출하고 학교밖으로 사라졌다. 이런 곳에 있어봤자 시간 낭비라는 결론에 도달한 것이다. 아마도 그 말 그대로일 것이라고 나도 생각한다. 하지만 굳이 평범한 일반론을 펼치자면 우리의 불완전한 인생에는 낭비도 어느정도 필요하다. 만약 불완전한 인생에서 모든 낭비가 사라져버린다면 불완전함마저도 없어져버리게 되는 것이다.

No matter how much we talk about acting our favorite flavors, relishing them really depends on a combined input from our senses that we experience through mouth, tongue and nose.~, but most important are the slight puffs of air as we chew our food - what scientists call 'retronasal smell'.But our tongues are inaccurate instruments as far as flavor is concerned.우리가 아무리 좋아하는 맛에 대해 이야기해도, 그것을 제대로 즐..

2016년, 미국의 한 연구실에서 인턴십을 하면서 내가 학위를 계속한다면 박사 학위는 미국에서 꼭 해야겠다는 생각이 들었다. 그 이유는 다음과 같다. 첫 번째로, 연구실 내에서 자유로운 소통이 인상적이었다. 당시 학부생 인턴이었던 나는 교수님으로부터 하나의 과제를 받고, 박사님이나 연구원들이 설명해주신 내용을 따라갔다. 교수님과 1:1 미팅 시간에는 실험의 이유나 개념 등의 설명을 들을 수 있었다. 그때 나는 연구가 재미있다고 느꼈는데, 교수님이나 연구원들 모두 나를 학부생 technician이 아닌 연구자로 대해주셨기 때문이다. 실험 방법뿐만 아니라 실험을 통해 예상할 수 있는 결과와 그 원리인지 알려주셨어서 연구가 흥미롭게 느껴졌다.   두 번째는 술 문화가 없다는 점이 마음에 들었다. 내가 있었던 ..

SRA는 대규모의 유전체 시퀀싱 데이터를 저장하는 공개 데이터베이스로, 여기에는 다양한 생물종의 DNA와 RNA 시퀀싱 데이터가 포함되어 있습니다. sratoolkit은 특히 FASTQ 형식의 원시 시퀀싱 데이터를 다운로드하는데 유용합니다. 아래에서 FASTQ 데이터 다운로드를 위해 사용되는 sratoolkit을 설치하고 사용하는 방법에 대해 알려드리려 합니다. sratoolkit 파일 설치먼저 sratoolkit을 로컬 컴퓨터 환경에 맞게 설치합니다. 필자는 Mac OS 환경에서 작업했습니다. 아래 코드는 url을 사용해서 설치하는 코드입니다. https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit  02. Installing SRA Too..

유전체 데이터를 다루려면 원시데이터인 FASTQ 파일을 전처리를 해야합니다.예를 들어, DNA의 경우 VCF 파일로, RNA-seq 또는 scRNA-seq의 경우 counts table로 만들어야 합니다. Nextflow는 유전체 데이터 전처리를 위한 자동화 파이프라인입니다.전처리 단계별 도구들을 불러와 한 번에 구동할 수 있는 편리한 도구입니다. Nextflow 설치Nextflow를 설치합니다. 공식 버전, Quick-start 설치, Bioconda를 활용한 설치가 있습니다. 다음 튜토리얼에서는 Anaconda 환경을 설정하여 독립적인 환경에서 Nextflow를 설치하는 방법을 기술했습니다. (아래 스텝은 MacOS 환경의 작업입니다.) 아나콘다 환경 설정먼저, 아래 두 체널을 세팅함으로써 Bioco..

유학 준비를 한답시고 퇴근 후 개인적으로 TOEFL 공부를 했었다. 드디어 직장 다닌지 1년차가 되었다.직장인은 저녁 8시가 되서야 드디어 무언가 할 수 있는 시간이 된다.평소의 나의 루틴은 아래와 같다. 6시: 운동8시-5시: 출근6-8시: 씻고 저녁 먹고8시~  공부 계획을 짰었다. speaking, listening, reading, writing 하루에 한 문제씩 풀기.하지만 2024년 4월부터 계획했던 공부 일정들이 지켜지지 않았다. 그래서 집 근처 성인 영어학원을 알아봤다. 그룹 수업의 경우 일주일 두 번에 한 달 20-25만원 정도 했고,1:1 수업의 경우 10회에 7만원이었다. 요즘 헬스 피티가 5만원부터 시작인 것 대비,지금보다 나은 나를 위한 투자에 아깝지 않다는 생각이 들었다. 유학간..

생물정보학, 어쩌면 산업의 중간 쯤에서 묻혀있는 분야이다. 패션처럼 눈에 띄게 유행을 타지도 않고, 반도체처럼 기술의 발전이 급격한 것도 아니며, 항공이나 숙박처럼 여가 생활에 직접적인 도움을 주는 것도 아니다. 컴퓨터, 생물학, 통계학의 어느 쯔음에서 생물정보학은 자리를 차지하고 있다. 나는 산업군이 생겨나고 필요성이 부각되어 이 분야를 시작했지만, 동종업계의 사람들 중에서는 생물정보학에 대해 회의적인 시선을 갖고 있는 경우가 다소 있다. 왜냐하면 이 분야는 새로운 패러다임을 갖고 있으며, 다양한 지식과 기술을 통합해야 하는 동시에 산업적인 의미를 찾아야 하는 도전적인 과제를 안고 있기 때문이다. 그럼에도 불구하고, 나는 왜 계속해서 생물정보학의 길을 걸어가고 있을까? 이 질문에 대한 대답은 단순하다...

1. bulk RNA seq analysis ssGSEA GSVA 2. scRNA-seq analysis AUCell, SCSE, JASMINE